喀纳斯景区位于阿尔泰山之阳，这一地域古来为北方诸多民族游牧之地，额尔齐斯河北岸细石器遗址的发现说明，这里早在八九千年以前就有从事狩猎、渔猎的人类活动，历史上先后或同时有塞人、呼揭、匈奴、柔然、突厥、蒙古等草原民族部落在此生活。在历史的演变过程中，这一地域曾先后隶属部族地方政权突厥汗国。铁勒汗国、蒙古汗国、准噶尔汗国辖理。清代乾隆二十年（1755），平定准噶尔部，这一地域归乌里雅苏台定边左将军管辖。清乾隆二十七年（1762），清廷将居住在阿尔泰山之阳的阿尔泰乌梁海人编为7旗，分为左右两翼，设翼长总管，分别授印信。此地隶属阿尔泰乌梁海左翼左旗扎萨克，清光绪二十九年（1903），此地隶属科布多办事大臣管辖。光绪三十二年（1906），科布多、阿尔泰分治，此地隶属阿尔泰办事大臣，此时，阿尔泰办事大臣所辖区域直属清廷理藩院。民国初年，沿袭清末旧制，阿尔泰地方仍直属中央政权管辖。民国8年（1919），阿尔泰地方划归新疆省，设阿山道。是年设布尔津县，喀纳斯地域隶属新疆省阿山道布尔津县。新中国成立后，1980年，新疆维吾尔自治区人民政府批准设立喀纳斯自然保护区。1986年，经国务院批准，确定为国家级自然保护区，隶属新疆维吾尔自治区林业厅管理，设管理处。

      2000年成立“喀纳斯环境与旅游管理委员会”与“喀纳斯国家级自然保护区管理局”，机构隶属布尔津县；2003年喀纳斯管理机构上划阿勒泰地区，改“喀纳斯环境与旅游管理委员会”为“喀纳斯环境与旅游管理局”，对该地域资源的开发、利用和保护实行统一管理。2006年7月，阿勒泰地委、行署决定成立了中共喀纳斯景区委员会和喀纳斯景区管理委员会，明确了喀纳斯景区10030平方公里的大旅游管辖区域，并将布尔津县的禾木哈纳斯蒙古民族乡、哈巴河县的铁热克提乡划归景区管委会统一管辖。